Jonathan Stockhammer ist innerhalb weniger Jahre zu einem weltweit gefragten Dirigenten geworden. Er studierte zunächst Chinesisch und Politologie, später Komposition und Dirigieren in seiner Heimatstadt Los Angeles. Noch während des Studiums sprang er für eine Reihe von Konzerten beim Los Angeles Philharmonic ein. In der Folge wurde er eingeladen, dem Chefdirigenten Esa-Pekka Salonen zu assistieren. Mit Abschluss seiner Studien zog er nach Deutschland um und entwickelte enge künstlerische Beziehungen zu bekannten europäischen Ensembles wie Ensemble Modern, Collegium Novum Zürich und Ensemble Resonanz. Sowohl in der Welt der Oper, als auch der klassischen Symphonik und der zeitgenössischen Musik hat er sich einen Namen gemacht. Als ein hervorragender Kommunikator bringt er sowohl ein besonderes Talent für die Moderation von Konzerten mit als auch dafür, mit den verschiedensten Mitwirkenden auf Augenhöhe zu arbeiten – ob mit jugendlichen Musikern, jungen Rappern oder Stars wie Bully Herbig und den Pet Shop Boys.
Die Oper spielt eine zentrale Rolle in Jonathan Stockhammers musikalischen Aktivitäten. Die Liste seiner Operndirigate, darunter ›Die Dreigroschenoper‹, Zemlinskys ›Eine florentinische Tragödie‹, Sciarrinos ›Luci mie traditrici‹ und ›Monkey: Journey to the West‹ von Damon Albarn, weist ihn als Dirigenten aus, der komplexe Partituren und spartenübergreifende Produktionen als willkommene Herausforderung begreift und meistert. Regelmäßig zu Gast war er seit 1998 an der Opéra de Lyon, wo er unter anderem die französische Erstaufführung von Dusapins ›Faustus, The Last Night‹ leitete. 2009 führte er mit dem Radio-Sinfonieorchester Stuttgart zwei Werke Wolfgang Rihms auf, ›Proserpina‹ und ›Deus Passus‹. Im Pariser Théâtre du Châtelet begeisterte er 2010 in Sondheims ›A Little Night Music‹ mit dem Orchestre Philharmonique de Radio France. Im Februar 2013 gab er sein Debüt an der New York City Opera in Thomas Adès‘ ›Powder her Face‹. Im Frühjahr 2016 war er erstmalig für eine Neuproduktion von Peter Eötvös‘ ›Tri Sestri‹ (Drei Schwestern) an der Wiener Staatsoper zu Gast und hob bei den Schwetzinger Festspielen Georg Friedrich Haas‘ neue Oper ›Koma‹ aus der Taufe.
Im symphonischen Bereich hat Jonathan Stockhammer zahlreiche renommierte Klangkörper geleitet. Dazu zählen das Oslo Philharmonic Orchestra, NDR Sinfonieorchester Hamburg, Sydney Symphony Orchestra und die Tschechische Philharmonie. Er war auf Festivals wie den Salzburger Festspielen, dem Lucerne Festival, den Donaueschinger Musiktagen, der Biennale in Venedig und Wien Modern zu Gast.
Für Produktionen, die sich den gängigen Kategorisierungen entziehen, hat Jonathan Stockhammer eine besondere Vorliebe. Dazu gehören Greggery Peccary & Other Persuasions, eine CD mit Werken von Frank Zappa mit dem Ensemble Modern (RCA, 2003), die mit einem ECHO Klassik ausgezeichnet wurde, sowie Konzerte und eine Einspielung des neuen Soundtracks zu Sergei Eisensteins Film ›Panzerkreuzer Potemkin‹ von und mit den Pet Shop Boys. Die von ihm dirigierte Liveaufnahme ›The New Crystal Silence‹ mit Chick Corea, Gary Burton und dem Sydney Symphony Orchestra erhielt 2009 einen Grammy. Sehr erfolgreich war auch seine Zusammenarbeit mit dem Rapper Saul Williams für ›Said the Shotgun to the Head‹, eine Komposition von Thomas Kessler, die Jonathan Stockhammer mit dem WDR Sinfonieorchester Köln, dem RSO Stuttgart und Oslo Philharmonic zur Aufführung brachte.
Unter den Highlights seiner Saison 2016/2017 sind das Eröffnungskonzert (mit den Wiener Symphonikern) sowie vier Aufführungen von Benedikt von Peters Inszenierung der ›Entführung aus dem Serail‹ (mit der Camerata Salzburg) bei den Wiener Festwochen. Weiterhin wird Jonathan Stockhammer seine Debüts am Theater Basel mit Philip Glass’ ›Satyagraha‹ in einer Koproduktion mit der Komischen Oper Berlin, sowie mit dem Philharmonia Orchestra, der NDR Radiophilharmonie Hannover und den Düsseldorfer Symphonikern geben.